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Ravvisandone la necessità alla luce di comportamenti non uniformi degli uffici, l'Agenzia delle Entrate ha fornito ulteriori chiarimenti rispetto alla Risoluzione 139/2007 in merito all’ipotesi di cessione di un’abitazione e due box, cantine o posti auto.

Sulla scorta dell'orientamento della Cassazione in materia di negozi complessi e collegati, l'Agenzia ha  rilevato che "in sede di tassazione occorre procedere con una puntuale disamina delle pattuizioni contrattuali volta ad individuare gli effetti giuridici che l’atto è idoneo a produrre; in particolare, qualora si è in presenza di un atto contenente una pluralità di disposizioni, occorre attribuire rilevanza al nesso causale che intercorre tra le disposizioni stesse".

In particolare, quanto alle modalità di tassazione degli atti di compravendita tra le stesse parti di un immobile ad uso abitativo e relative pertinenze, imponibili ad IVA , secondo l'Agenzia 
- per l'imposta di registro, la cessione imponibile ad IVA sconta l’imposta di registro in misura fissa, pari a euro 168,00 che trova applicazione una sola volta per il trasferimento dell’immobile principale e delle relative pertinenze a prescindere dall’aliquota IVA, anche differente, alle stesse applicabile.
- per l'imposta ipotecaria e catastale, “è dovuta la misura fissa di euro 168,00 per le volture eseguite in dipendenza … di atti soggetti all'imposta sul valore aggiunto”. Analogamente a quanto affermato per l’imposta di registro, tenuto altresì conto del presupposto impositivo delle imposte ipotecaria e catastale, si ritiene – in presenza di un unico negozio complesso tra le medesime parti contraenti avente ad oggetto un fabbricato abitativo e più pertinenze – che anche dette imposte trovino applicazione ciascuna una sola volta.

(Agenzia delle Entrate, Circolare 12 marzo 2010, n.10/E: Atti di compravendita, imponibili ad IVA, di un immobile ad uso abitativo e di più pertinenze. Tassazione ai fini delle imposte di registro, ipotecaria e catastale).